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Lo único que Yūki recuerda de su infancia es que, perdida en el invierno, fue atacada por un vampiro fuera de control, situación de la que la rescató otro vampiro, Kuran Kaname. Él la llevó con Kaien Cross, quien se convierte en su padre adoptivo y más adelante, en el director de la ""Academia Privada Cross"". Sin embargo, la academia de elite oculta un secreto: los alumnos de la Clase de Noche son en realidad vampiros. El director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros. Yūki y Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por uno de ellos cuatro años atrás, son los únicos de la Clase de Día que conocen el secreto y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo, pero a su vez también oculta un gran secreto que lo tortura día a día...
trama 2
Hace veinte años, las luchas entre vampiros y cazadores masacraban el mundo sin censura. El mundo estaba teñido de sangre, luchas y muertes innecesarias. Esto no podía seguir así. Por lo que hubo un cazador, de los más sanguinarios, que recapacitó y decidió poner un "basta" en toda esta guerra. Se llamaba Kaien Cross y su único sueño era la paz entre humanos y vampiros. Así que decidió construir la Academia Cross, la cual impartía clases tanto a humanos como vampiros, separados por la clase Diurna para los humanos y la clase Nocturna para los vampiros. Grácias a este método, las matanzas fueron disminuyendo, todo parecía ir bajo ruedas.
Una noche, Kaname Kuran, un niño que era el ancestro de los Kuran llegó a la casa de Kaien con el favor de que se hiciera cargo de su hermana pequeña, Yuuki, la cual en esos momentos era "humana" y no recordaba nada, ni a sus padres, ni que era una vampiresa, ni que sus padres habían muerto por salvarla. Kaien se hizo cargo de ella pues había conocido a su madre, Juri Kuran, y le debía ese favor. La niña se crió como cualquier niña humana con el director de la academia Cross. Cuando Yuuki tenía once años, trajeron a otro niño a casa de Kaien, esta vez era un sobreviviente de un ataque de vampiros, un hijo de cazadores. Al verlo ensangrentado, Yuuki se asustó mucho, pensando que estaría herido, pero tras limpiarlo y asearlo se dio cuenta de que esa sangre no era del niño, el cual era un año mayor que ella. Se llamaba Zero Kiryuu, y era un niño lleno de rencor hacia los vampiros. Siempre que Kaname iba a visitar a Yuuki, él no podía soportarlo, le odiaba por el simple hecho de ser vampiro.
Pasaron los años, y Yuuki y Zero formaron a ser parte de los Guardianes de la Academia, los cuales debían velar por los alumnos de la clase Diurna y vigilar que los de la Clase Nocturna no se propasasen. La vida para ellos era normal, algún que otro susto con la clase nocturna y sus fans de la Diurna pero nada del otro mundo. Todo su mundo cambió cuando Yuuki descubrió el secreto más escondido de Zero. Era un vampiro. Mordió a Yuuki y es algo que no se podía perdonar. Sin embargo, Yuuki no estaba enfadada, solo confusa por que todo aquello le vino muy deprisa. Aún así, se ofrecía siempre que podía para entregarle su sangre y que Zero se alimentara. Él no quería, pero siempre acababa cediendo a sus instintos. Conforme va pasando el tiempo, Zero está enamorado de Yuuki, pero ella no tiene claro del todo sus sentimientos hacia él, ya que desde pequeña ha estado enamorada de Kaname.
De repente, Yuuki comienza a tener pesadillas, pesadillas con la sangre y con ese pasado que su madre tanto esmeró en ocultar. Cada vez era más insoportable y Kaname le ofreció decirle la verdad si se convertía en su "amante". Las pesadillas y alucinaciones poco a poco van empeorando, entonces Kaname decide ponerle fin a su sufrimiento y, mediante un ritual vampírico, la despierta en su forma verdadera, una vampiresa de sangre pura, la Princesa Sangre Pura de los Kuran. Zero contempla todo aquello y se siente destrozado, pero a la vez con ganas de matarlos a los dos, en especial a Kaname. Desde esa transformación, la relación de Zero y Yuuki se enfría bastante, hasta un punto en el que Yuuki llega a ser verdaderamente cruel con él, con tal de no hacerle daño, pero no fue una buena opción esa.
Rido aparece, para alimentarse de la sangre de Yuuki, causando el caos en la Academia Cross. Todos están dispuestos a derrotarlos, pero los de la clase Diurna no deben saber nada de lo que está pasando. Zero se reconcilia con su hermano gemelo Ichiru que, al borde de la muerte, se le ofrece para así ser más fuerte y "completo", eso hace que Zero se convierta en un vampiro y un cazador tan fuertes que derrotan, junto con Yuuki, a Rido Kuran.
La lucha contra Rido a finalizado, por lo que todo vuelve a la normalidad. Yuuki y Kaname deben irse de la academia, y antes de irse, Yuuki habla con Zero y éste le dice que la matará algún día. En ese momento, ambos se besan, cosa que después desconcierta más a Yuuki. Sin embargo, al llegar a su antigua casa de niña, el vivir con Kaname la hace muy feliz aunque él frecuente a salir para aclarar asuntos importantes entre vampiros y cazadores.
De repente, una oleada de asesinatos a Sangres Pura comienza. Kaname desaparece, y rumores y mentiras le culpan de esos asesinatos. Yuuki está destrozada, su hermano y amado a desaparecido y para colmo le culpan de asesinatos que ella está convencida de que no a sido. La asociación de cazadores la encarcela, por ser la vampiresa más cercana a Kaname, pero al ver que Yuuki no sabía nada, la dejan ir a la Academia Cross, donde se encarga de la Presidencia de la Clase Nocturna.